Kirkens orgel blev oprindeligt bygget af Johan Lorentz i år 1648. Orglets barokfacade har således i mere end tre hundrede år prydet kirken. Facaden blev i nogen grad ændret til det værre i 1800-tallet, men blev mesterligt tilbageført af den verdenskendte orgelbygger Paul-Gerhard Andersen i 1968, da orglet blev gennemrestaureret. Ved den lejlighed havde P.-G. Andersen studeret Lorentz´oprindelige mensur-system for principal-koret og fik dermed orglet bygget op på et solidt historisk grundlag. For de øvrige stemmer var det ikke muligt at skaffe historiske holdepunkter og de blev således ikke forsøgt kopieret.
Skræmmemasker ved orgel: "In order to keep the bad Organist away!" - Christopher Wrench, australsk organist.
Orglet har 31 stemmer fordelt på Hovedværk, Rygpositiv, Crescendoværk (CV) og Pedal, med mekanisk traktur - og registratur (dog el-traktur og el-registratur i CV).
Et universelt instrument fra 1968 klinger derfor nu i Skt. Nikolai kirke bag den skønne 1600-tals orgelfacade. Det er med respekt overfor fortiden, men også med hensyn til hvad udviklingen naturligt har krævet, skabt en smuk helhed - i gamle mester Lorentz´og hans billedskærer Søren Ibsens ånd og stil.
se også:
(Kilde: Skt. Nikolai kirkes orgel-historie i tre århundereder af Niels Friis)